Przed rokiem 1580 powstał drewniany kościół. W 1665 r. zbudowano nowy murowany kościół staraniem Adama i Zofii Skrzetuskich. Konsekracja nowej świątyni miała miejsce w 1668 r. i dokonał jej sufragan krakowski bp Mikołaj Oborski. W latach 1841–1843 kościół został rozbudowany oraz uroczyście konsekrowany przez bpa tarnowskiego Jerzego Grzegorza Wojtarowicza 13 sierpnia 1848 r. Warto zaznaczyć, że powstał w wyjątkowo krótkim okresie, gdyż rozbudowa trwała tylko dwa lata. Był to także olbrzymi, jak na tamte czasy, budynek kościoła parafialnego, do którego uczęszczali mieszkańcy nie tylko Raby Wyżnej, ale także Bielanki, Rokicin i Sieniawy. Na przełomie 1905/1906 r. artysta malarz Piotr Niziński (uczeń Jana Matejki) namalował w świątyni na sklepieniu nawy głównej plafon przedstawiający ogłoszenie przez papieża Piusa IX dogmatu o Niepokalanym Poczęciu Maryi. Podczas okupacji budynek kościoła został zamknięty przez władze niemieckie i częściowo zniszczony. Po wojnie odrestaurowano go staraniem ks. prałata Józefa Polońskiego (zm. 28 I 1983 r.) natomiast gruntowny remont przeprowadził w latach 80. XX w. ks. Wacław Heczko (zm. 1 II 1997 r.), z wykształcenia technik budowlany. Powstała wtedy polichromia, której autorem jest Jacek Konarski.